NPO organiseert meerjarige projecten, waarmee haar leden zich verder kunnen ontwikkelen in het organiseren en uitvoeren van agrarisch natuurbeheer. De meeste projecten worden uitgevoerd op verzoek van de provincies en met financiële ondersteuning van onder andere de provincies, het Fonds Ontwikkeling Duurzame Land- en Tuinbouw, LTO Noord Projecten en Europese middelen.

Enkele activiteiten van NPO:

• 2003 - 2004 Activiteitenprogramma Agrarisch Natuurbeheer Oost Nederland: grote stappen gezet in dekkingsgraad provincies.
• 2005 - 2006 Dé Robuuste Verbinding: groot kennisuitwisselingsproject met inmiddels 35 ANV’s, die van en met elkaar hun kennis hebben versterkt.
• 2004 - 2006 5 cursussen Erkend Natuurbeheer: zware opleiding voor coördinatoren van ANV’s.
• 2007 - 2010 Activiteitenprogramma Natuurtalent met onder andere de volgende projecten:
• Groene Blauwe Diensten Overijssel
• Gebiedsgerichte aanpak weidevogelbeheer
• Professionalisering ANV’s Gelderland
• Proefboerderijen Mooi Eemland
• Aanvullende impuls agrarisch natuurbeheer Oost-Nederland

- Groene blauwe diensten Overijssel

- Leefgebieden

- Nederland Weidevogelrijk

- Gebiedsgerichte weidevogelaanpak Overijssel

- Professionalisering ANV’s Gelderland

- Weidevogels 2007